बदलते जलीय पर्यावरण, बांधों के निर्माण से नदियों की बाधित अविरलता और अवैज्ञानिक दोहन के कारण हिमालयी क्षेत्र की नदियों में मछलियों की 33 महत्त्वपूर्ण प्रजातियां विलुप्त होने के कगार पर पहुंच गई हैं। अनियंत्रित व अत्यधिक मानव गतिविधियों के कारण इन जलस्रोतों में पाए जाने वाली मत्स्य जैव विविधता तथा इनका पारिस्थतिकी स्तर और मछलियों की उपलब्धता पर गहरा प्रभाव पड़ा है। इन कारणों से हिमालय क्षेत्र में अत्यधिक प्रभावित महाशीर, भारतीय ट्राउट व विदेशी ट्राउट प्रजाति की मछलियां हैं।
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